Christian Kern è nato il 24 luglio 1956 a Vevey ed è cittadino di Basilea città. Conclusi gli studi in medicina presso l'Università di Ginevra, si è specializzato in anestesia e rianimazione (medico specialista FMH in anestesiologia e medicina intensiva). Successivamente ha lavorato come assistente e poi come primo assistente del medico primario negli ospedali universitari di Basilea e di Ginevra. Ha inoltre compiuto delle ricerche presso l'Università di Washington a Seattle. Nel 1998 Christian Kern è diventato direttore medico dell'Ospedale universitario di Ginevra (HUG) e dal 2008 medico primario del reparto di anestesiologia dell'Ospedale universitario di Losanna (CHUV).

È membro di diverse commissioni mediche e membro fondatore della Società svizzera di anestesia pediatrica (SGKA), e della Swiss Association of Obstetric Anaesthesia (SAOA) presso la Società svizzera di anestesiologia e rianimazione (SSAR), di quest'ultima è presidente dal 2017.

Dal 1988 fino al 1991, lavorando agli Ospedali universitari di Basilea e Ginevra, Christian Kern ha prestato regolarmente servizio come medico d'urgenza Rega.
Dal 2009 Christian Kern è membro del Consiglio di fondazione della Rega, che dal 1. gennaio 2015 lo ha nominato suo vice presidente. Dal 2011 è inoltre presidente della commissione sanitaria della Rega.

Christian Kern è sposato e padre di due figli. Abita a Ginevra.